1. Doanh nghiệp ngoài nhà nước được khuyến khích thành lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của mình hoặc đóng góp vào Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của ngành, địa phương và được hưởng quyền lợi theo quy định của Quỹ.

2. Doanh nghiệp nhà nước phải trích một tỷ lệ tối thiểu thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Chính phủ quy định cụ thể tỷ lệ trích thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để thành lập quỹ và cơ chế quản lý, sử dụng quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp nhà nước.

3. Doanh nghiệp có quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc quản lý, sử dụng quỹ đúng mục đích thành lập quỹ và thông báo việc thành lập quỹ cho cơ quan quản lý nhà nước về khoa học và công nghệ địa phương nơi đặt trụ sở chính của doanh nghiệp.

- Thực hiện nhiệm vụ KH&CN (xem Điều 3);

- Trang bị cơ sở vật chất - kỹ thuật cho hoạt động KH&CN như: xây dựng trung tâm nghiên cứu, thử nghiệm, kiểm nghiệm sản phẩm; đầu tư hạ tầng công nghệ thông tin... (khoản 1 Điều 4);

- Chi mua bí quyết công nghệ, sáng chế, giải pháp kỹ thuật, chương trình phần mềm,... (khoản 2 Điều 4);

- Mua máy móc, thiết bị cho đổi mới công nghệ (khoản 3 Điều 4);

- Trả lương, chi thuê chuyên gia khoa học (khoản 4 Điều 4);

- Chi đào tạo nhân lực KH&CN (khoản 5 Điều 4);

- Chi cho hoạt động sáng kiến (khoản 6 Điều 4);

- Chi cho hoạt động hợp tác về KH&CN (khoản 7 Điều 4);

- Chi cho đánh giá, thử nghiệm, giám định, quảng bá, thương mại hóa sản phẩm mới, công nghệ mới (khoản 8 Điều 4);

- Chi thực hiện hoạt động chuyển giao công nghệ (Điều 5);

- Chi phục vụ hoạt động quản lý Quỹ như: chi lương, thuê trụ sở làm việc, sắm, sửa chữa vật tư văn phòng... (Điều 6).

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định trách nhiệm của doanh nghiệp phải thông báo với Sở KH&CN địa phương khi thành lập Quỹ; xây dựng Quy chế chi tiêu Quỹ; Quy chế nghiệm thu đề án Kh&CN; báo cáo trích lập Quỹ... Chi tiết xem Điều 2.

Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/6/2022 và áp dụng cho việc sử dụng Quỹ khoa học và công nghệ tại doanh nghiệp từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2022.

Thay thế Điều 2, Điều 3, Điều 5, Điều 6, Điều 7, Điều 8, Điều 9, Điều 10, Điều 11, Điều 15 và Mẫu số 01 của Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư liên tịch số 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC ngày 28/6/2016.

Việc khai nộp thuế và tiền lãi do không sử dụng hết 70% quỹ phát triển KH&CN đã được Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể tại Công văn số 2343/TCT-KK ngày 30/5/20216, Công văn số 530/TCT-DNL ngày 3/3/2021 và Công văn số 278/TCT-CS ngày 25/1/2022.

Tuy nhiên, nếu thời điểm hoàn nhập là sau 5 năm và doanh nghiệp chưa sử dụng hết 70% Quỹ phát triển KH&CN đã trích thì phải nộp tiền lãi tương ứng với số thuế TNDN phát sinh.

Theo đó, trường hợp Công ty có các khoản chi mua hàng hóa, dịch vụ từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ thì khoản chi này không được tính vào chi phí hợp lý.

Tuy nhiên, nếu đáp ứng điều kiện quy định tại khoản 10 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC thì các khoản chi này vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp phải truy nộp NSNN phần thuế TNDN và lãi phát sinh tương ứng do không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% Quỹ phát triển khoa học và công nghệ trong thời hạn 5 năm theo quy định tại khoản 2 Điều 10 Thông tư 78/2014/TT-BTC thì khoản tiền lãi này không được tính vào chi phí hợp lý

Theo đó, về nguồn hình thành Quỹ, ngoài việc trích từ doanh thu trước thuế thì doanh nghiệp còn được nhận điều chuyển từ Quỹ phát triển KH&CN của Tổng công ty, Công ty mẹ (nếu là Công ty con) hoặc từ Công ty con (nếu là Công ty mẹ)

Mức trích lập Quỹ phát triển KH&CN từ doanh thu trước thuế tối đa vẫn là 10%; tuy nhiên, với khối doanh nghiệp nhà nước thì quy định mới có khống chế mức trích tối thiểu 3%

Bên cạnh các nội dung chi về phát triển KH&CN thì doanh nghiệp còn được dùng Quỹ này để chi các khoản phục vụ hoạt động quản lý Quỹ, như lương, BHXH, phụ cấp cho các bộ kiêm nhiệm, thuê trụ sở làm việc ...

Đối với các TSCĐ được đầu tư từ nguồn vốn của Quỹ hoặc hình thành từ kết quả thực hiện nhiệm vụ KH&CN, nếu chuyển giao cho hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp thì giá trị tài sản đó phải hạch toán vào thu nhập khác và thực hiện trích khấu hao theo quy định

Theo đó, đối với khoản tiền lãi này, doanh nghiệp thực hiện kê khai tại chỉ tiêu D3 - Thuế TNDN phải nộp khác trên Tờ khai quyết toán thuế TNDN năm và nộp vào tiểu mục Thuế TNDN

1. Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

a) Không thông báo việc thành lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ với cơ quan nhà nước có thẩm quyền về khoa học và công nghệ theo quy định;

b) Không báo cáo việc trích, sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

2. Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 12.000.000 đồng đối với hành vi quản lý và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ không đúng nội dung đã đăng ký.

3. Phạt tiền từ 12.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi thành lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ nhưng không đăng ký hoạt động.

4. Phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng đối với hành vi không hoàn trả đúng hạn kinh phí cho vay từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ hình thành từ nguồn vốn của ngân sách nhà nước mà chưa có sự đồng ý của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

5. Phạt tiền từ 30.000.000 đồng đến 40.000.000 đồng đối với hành vi trích không đủ tỷ lệ tối thiểu 3% từ thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp nhà nước.

6. Phạt tiền từ 40.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng đối với hành vi không trích từ thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp nhà nước.

7. Biện pháp khắc phục hậu quả:

a) Buộc nộp lại số tiền không hoàn trả đúng hạn do thực hiện hành vi quy định tại khoản 4 Điều này;

b) Buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện hành vi quy định tại các khoản 5 và 6 Điều này.

Trường hợp tổng số Quỹ đã sử dụng và số tiền nộp về Quỹ KHCN cấp quốc gia hoặc cấp bộ, tỉnh nêu trên vẫn nhỏ hơn 70% số Quỹ đã trích thì phải truy nộp thuế TNDN trên phần dư còn lại và tiền lãi phát sinh từ số thuế TNDN đó. Ngược lại, nếu bằng hoặc lớn hơn 70% thì phần quỹ còn dư được sử dụng tiếp theo quy định và không bị truy thu thuế kèm tiền lãi.

Về lãi suất tính lãi, khoản 3 Điều 14 Thông tư 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC yêu cầu căn cứ theo lãi suất trái phiếu kho bạc hoặc lãi suất tín phiếu kho bạc loại kỳ hạn 1 năm áp dụng tại thời điểm thu hồi.

Tuy nhiên, do Kho bạc Nhà nước không phát hành tín phiếu kho bạc kỳ hạn 1 năm (52 tuần) kể từ năm 2015 đến nay nên cơ quan Thuế sẽ áp dụng mức lãi suất 4,59%/năm (theo mức công bố gần nhất vào ngày 19/8/2014) để tính lãi.

Cần biết rằng, khoản lãi phát sinh từ số thuế TNDN bị truy thu do không sử dụng hết 70% Quỹ KHCN sẽ không được chấp nhận hạch toán.

Lãi suất tính lãi là lãi suất trái phiếu kho bạc hoặc lãi suất tín phiếu kho bạc loại kỳ hạn 1 năm áp dụng tại thời điểm (năm) thu hồi và thời gian tính lãi là 2 năm

Do Kho bạc Nhà nước không phát hành tín phiếu kho bạc kỳ hạn một năm (52 tuần) trong giai đoạn 2015-2019 nên cơ quan Thuế sẽ áp dụng mức lãi suất 4,59%/năm (theo mức công bố gần nhất vào ngày 19/8/2014) để tính lãi

Theo đó, về hình thức tổ chức, doanh nghiệp có thể thành lập Quỹ phát triển KH&CN như là một đơn vị trực thuộc doanh nghiệp không có tư cách pháp nhân hoặc giao cho cán bộ của doanh nghiệp kiêm nhiệm việc quản lý Quỹ (Điều 3)

Khi thành lập Quỹ này, doanh nghiệp phải gửi Quyết định thành lập Quỹ cho Sở KH&CN cấp tỉnh nơi đặt trụ sở chính trong vòng 30 ngày, đồng thời phải gửi Quy chế KH&CN cùng với Quy chế chi tiêu, sử dụng Quỹ cho cơ quan thuế nơi đặt trụ sở chính cùng thời điểm nộp báo cáo trích, sử dụng Quỹ trong kỳ trích lập đầu tiên (Điều 3)

Tương tự quy định cũ tại Điều 10 Thông tư 78/2014/TT-BTC , doanh nghiệp cũng được trích lập Quỹ phát triển KH&CN hàng năm với mức tối đa bằng 10% thu nhập trước thuế (Điều 4). Ngoài ra, điểm mới của Thông tư này là cho phép doanh nghiệp được điều chuyển Quỹ phát triển KH&CN từ Tổng công ty, Công ty mẹ xuống Công ty con, doanh nghiệp thành viên hoặc ngược lại. Tuy nhiên, chỉ áp dụng đối với Công ty con, doanh nghiệp thành viên mà Công ty mẹ sở hữu 100% vốn và không cho phép điều chuyển Quỹ chiều từ Việt Nam ra nước ngoài

Thông tư liên tịch có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/9/2016 và áp dụng cho việc trích lập, quản lý và sử dụng Quỹ khoa học và công nghệ tại doanh nghiệp từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2016.

Các văn bản sau hết hiệu lực kể từ ngày Thông tư liên tịch này có hiệu lực thi hành: Quyết định số 36/2007/QĐ-BTC ngày 16/5/2007; Thông tư số 15/2011/TT-BTC ngày 09/02/2011; Thông tư số 105/2012/TT-BTC ngày 25/6/2012; Điều 10 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014; Mẫu số 03-6/TNDN ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013.